Era de madrugada cuando dos embarcaciones se acercaron a la bahía de Colón con unos 500 soldados colombianos comisionados a detener un movimiento separatista que se estaba gestando en el istmo de Panamá. Ese 3 de noviembre de 1903 la alerta que había recibido el gobierno neogranadino ya se contaba como un hecho, desde ese día Panamá no sería más uno de los estados del país suramericano.
Los acontecimientos, como se desarrollaron, permitieron la detención de los dos oficiales que comandaban la misión colombiana y que Panamá pudiera declarar su separación de Colombia desde la provincia capitalina, con el apoyo del resto de las provincias del interior. Solo faltaba la provincia de Colón, tomada en aquel momento por los soldados colombianos.
Dos días después, el 5 de noviembre, José Antonio Henríquez, miembro de la Junta Revolucionaria de Colón, envió un telegrama a los líderes del movimiento donde decía: “sólo ahora, 7:30 p.m. puede decirse que la separación de Panamá está asegurada”.
El hecho fue que los generales Juan B. Tovar y Ramón Amaya, a cargo de la misión enviada por el gobierno colombiano, fueron persuadidos por sus colegas militares panameños sumados a la causa de separación para trasladarse a la ciudad de Panamá y constatar que todo estaba en orden. Los ejecutivos estadounidenses que administraban el ferrocarril habían puesto a disposición vagones de lujo del tren, pero el resto de la tropa debía quedarse a esperar la habilitación de más vagones para poder llevarlos a Panamá; mientras tanto debían quedarse en la ciudad de Colón.
Tanto Tobar como Amaya fueron apresados al llegar a la ciudad y llevados al cuartel bajo el mando del oficial la revolución panameña y a los miembros separatistas. Los soldados varados en colón perdieron contacto con sus comandantes y aunque intentaron moverse a Panamá, la indisponibilidad del ferrocarril se los impidió.
Eliseo Torres, quien había tomado el mando de la tropa, se encontraba aislado y sin directrices, hecho que facilitó ser persuadido por la Junta Revolucionaria de Colón a abandonar el istmo con sus soldados, luego de ser sobornado con un pago de 8 mil dólares
La salida de los soldados colombianos de Colón selló la separación definitiva de Panamá de Colombia y permitió el nacimiento de la nueva República.