El fenómeno de El Niño también golpea la economía panameña. La intensa sequía ha precipitado la disminución del nivel de las aguas del lago Gatún, obligando al Canal de Panamá a tomar medidas que afectan el tránsito marítimo, al restringir el paso de embarcaciones grandes, principalmente de Estados Unidos y China que son los principales clientes del canal, y que ahora deben llevar menos carga.
Éste, es el periodo más seco del que se tenga memoria sobre la cuenca hidrográfica del canal. El impacto económico este año, es de aproximadamente 15 millones de dólares, en comparación con los 2,500 millones en ingresos generados en 2018.
La Autoridad del Canal notificó a sus clientes que en base al problema, a partir del 30 de abril se estableció un calado máximo para los barcos Neopanamax de 13.41 metros (44.0 pies) en agua dulce; (el calado máximo normal alcanza los 15.2 metros o 50 pies). Dichos ajustes no aplican al viejo canal.